折叠 第二次重组 2007年初，上海滩足球资源重组，原上海申花SVA文广足球俱乐部与原上海联城合并组成新申花，联城主帅乌拉圭教头吉梅内斯取代吴金贵出任球队主教练，当年球队力压韩日球队，为中国首次夺得A3联赛的冠军，联赛中因为成绩不佳，吉梅内斯中途下课，吴金贵出任代理主教练一职，带领球队取得了第4的成绩。年末在申花俱乐部成立14周年的大会上，投资人朱骏宣布吴金贵为2008赛季申花队的主教练。
折叠 中途换帅 2008年，在上海菲亚特三角赛中(0:1负帕尔马，2:1胜尤文图斯)获得亚军，9月球队在联赛形势危急的情况下宣布主教练吴金贵"下课"，贾秀全出任球队执行教练，但在联赛尾声4比4被辽宁逼平、2比2被浙江绿城逼平后，痛失冠军。
2008赛季，上海申花队17胜10平3负的战绩，积61分列第二，获得亚军。
2009年，贾秀全留任主教练，联赛最后一轮上海申花以2:1战胜长沙金德，由于积分和山东鲁能、天津泰达相同，而算三队之间比赛的小分后，积分少于山东鲁能，只拿到中超第五名。
折叠 老布执教 2009年12月，上海申花联盛足球俱乐部以100万欧元的年薪签下克罗地亚名帅------米洛斯拉夫·布拉泽维奇先生。布拉泽维奇先生将率领申花俱乐部征战的2010年的中超联赛。
2010赛季，上海申花队的成绩为14胜6平10负，积48分获得季军。
折叠 200场胜利 2010年5月26日，上海申花1:0战胜深圳红钻，成为中国职业联赛继大连实德后第二支200场胜利的俱乐部。
折叠 战绩下滑 2011赛季，上海申花队战绩不尽如人意，30轮战罢，11胜4平15负，仅获得联赛第11名。
折叠 "魔兽"世界 2012赛季，球队请来了世界级球星阿内尔卡和德罗巴，但球队整体水平依然不高，战绩为8胜14平8负，只拿到联赛第9名。赛季结束，包括阿内尔卡和德罗巴在内的许多主力球员离开球队。
折叠 申花精神 2013赛季，上海申花队由于2003年的虚假比赛事件在联赛开打前被扣除6个联赛积分，并流失一些主力球员，在被外界普遍不看好的情况下却打出了"申花精神"，落后的申花惹不起，打出了一场又一场的逆转令人兴奋!在扣除6分的情况下，申花队获得了11胜11平8负的战绩，获得联赛第8名(不扣除6个积分的情况下，排名可上升至第四)。